相同部分

－主线剧情没有变动
－同伴的加入离队，剧情道具的入手与功能都与初版一样
－地图除了3D化外都和初版一样，只是有些地方多了几个宝箱
－异常状态的判定与顺序位次与初版一样（有待进一步确认）

变动部分

－敌人数据与行动脚本大幅度更改
－添加技能之书系统，添加新技能，原有某些技能功能有所更改
－添加迷你游戏和小幻兽系统
－武器装备者有所变动，弓变为罗莎专用，爪变为杨专用
－战斗中添加『自动攻击』指令
－原GBA版追加要素取消，添加两个隐藏boss
－完美收集需要至少三周目
－添加地图行走开放系统，地图完成可拿到奖励
－增添了少许对话，其中有些揭露了巴伦王国历史的内幕
－增添了哈明威家族支线。通过支线可以开放图鉴等功能还可以拿到技能道具
－巴哈穆特战斗触发条件由对话触发改变为行走触发（接近就开战）
－赤い翼改为赤き翼………
－巴伦城门不用按开门制就会自动开门……
－不能改名字
－加了暂时存档，但读取后消失
－敵人掉落GIL减少
－大量买进同一道具会有折扣
－所有角色升级所需的经验值相同
－武器强制装备在右手,没有左右手能力分别
－武器全部单手持,弓除外………
－武器和防具的数值某部份作出改动
－矢不会消耗,有一个就可以
－道具上限不能超过99个
－肥陆行鸟用途改为幻兽养成,怪物图鉴,音乐和动画鉴赏
－4A最终BOSS前储存点没有了………
－增加周目继承重要道具和技能

技能比较

－原版：见FF4专题的人物介绍部分和魔法部分
－NDS版：见NDS版技能介绍